Sejak tanggal 15 Maret 2001, Karimun jawa ditetapkan oleh pemerintah Jepara sebagai Taman Nasional. Karimun jawa adalah rumah bagi terumbu karang, hutan bakau, hutan pantai, serta hampir 400 spesies fauna laut, di antaranya 242 jenis ikan hias. Beberapa fauna langka yang berhabitat disini adalah Elang Laut Dada Putih, penyu sisik, dan penyu hijau.
